人文学院
下属系： 中国语言文学系、历史学系、哲学系、人类学与民族学系
教育部批准设立：厦门大学历史研究所、厦门大学人类学研究所、厦门大学中国语言文学研究所
校批机构：厦门大学美国史研究所、厦门大学哲学研究所、厦门大学宗教学研究所、厦门大学传播研究所、厦门大学古籍研究所、厦门大学佛学研究中心、厦门大学道学与传统文化研究中心、陈嘉庚研究室、品牌与广告研究所、人文学院教学实验中心、人类博物馆、鲁迅纪念馆、道学与传统文化研究中心、汉语语言学研究中心、戏剧戏曲学与艺术学研究中心、东南亚华文文学研究中心、中国社会经济史研究中心、海洋考古学研究中心、旅游人类学研究中心
共建机构：中国海关史研究中心
新闻传播学院
下属系系： 新闻学系、广告学系
校批机构：传播研究所、品牌与广告研究所
外文学院
系（部）： 英语语言文学系、欧洲语言文学系、日本语言文学系、法语语言文学系
教学部： 外语教学部
校批机构：厦门大学日本语教育研究中心、厦门大学外国语言文学研究所、厦门大学口、笔译资格证书考试中心、厦门大学双语词典与双语语言文化研究中心、外文学院教学实验中心、欧洲研究中心、厦门大学国外考试中心
法学院
教育中心：厦门大学法律硕士教育中心
校批机构：国际经济法研究所、海洋政策与法律中心、民商法研究所、世界贸易组织（WTO）研究中心、法学院教学实验中心
公共事务学院
系：政治学系、 公共管理系、 社会学系
共建机构：国家农村社会保险研究中心（劳动与社会保障部委托）、福建女性发展研究中心（省校共建）
校批机构： 厦门大学人口研究所、厦门大学政治学与行政学研究所、厦门大学公共管理与政策分析研究中心、厦门大学社会发展研究中心、公共事务学院教学实验中心
经济学院
系：经济学系、计划统计系、财政系、金融系、国际经济与贸易系
教育部批准设立：厦门大学经济研究所、厦门大学宏观经济研究中心
省、市共建研究机构：福建经济研究中心 （省校共建）
校批机构：人口研究所、国际经济与核算研究所、财政科学研究所、金融研究所、特区研究所、社会主义经济制度研究中心、公共财政研究中心、社会经济统计研究中心、经济咨询事务所、证券研究中心、澳大利亚研究中心、厦门大学WTO研究中心（经济）、厦门大学SYNNEX研究发展中心、厦门大学评估研究中心、兴业银行金融创新研究中心、劳动经济研究中心、康乃尔合作中心、经济学院教学实验中心
管理学院
系（或相当于系的实体机构）：会计学系、企业管理系、管理科学系、旅游系、工商管理教育中心（MBA中心）、高级经理教育中心（EMBA项目）、厦门大学与厦门国家会计学院会计硕士专业学位联合教育中心、物流与项目管理工程硕士教育中心
教育部批准设立：会计发展研究中心
校批机构：人力资源研究所、现代管理科学研究所、会计研究所、管理学院教学实验中心
艺术学院
系：美术系、音乐系
校批机构：艺术研究所、中国欧洲艺术中心、艺术教育学院教学实验中心
数学科学学院
系： 数学与应用数学系、信息与计算数学系
教学部： 厦门大学公共数学教学部
校批机构：厦门大学数学研究所、厦门大学精算学研究中心、数学科学学院计算科学实验中心
物理与机电工程学院
系（或相当于系的实体机构）：物理学系、机电工程系
市级工程中心： 萨本栋微机电研究中心
校批机构：厦门大学技术物理研究所、厦门大学精密工程研究所、厦门大学半导体光子学研究中心、物理与机电工程学院教学实验中心
化学化工学院
系： 化学系、化学工程与生物工程系、化学生物学系
中心：分析测试中心
国家重点实验室：固体表面物理化学国家重点实验室（厦门大学）
教育部重点实验室：教育部现代分析科学重点实验室（厦门大学）
教育部批准设立的研究机构：厦门大学物理化学研究所
福建省批准设立的研究机构：福建省化学生物学重点实验室
校批机构：理论化学研究中心、 纳米科技中心、特种先进材料实验室、厦门大学化学电源研究中心、厦门大学膜技术应用与推广中心、厦门大学现代分析化学研究所、材料设计与应用工程研究中心、化学化工学院教学实验中心
材料学院
系： 材料科学与工程系、生物材料系
福建省批准设立的机构：福建省特种先进材料重点实验室、福建省特种陶瓷重点实验室、福建省生物医学工程重点实验室
市级实验室或工程中心：厦门市高性能金属材料重点实验室、厦门市防火助燃材料重点实验室、厦门市生物医学工程技术研究中心
校批机构：特种先进材料实验室、材料设计与应用工程研究中心、生物医学工程研究中心、膜技术应用与推广中心
共建机构：中国一航－厦门大学特种先进材料研究中心、厦门大学－日本东北大学材料设计联合实验室
生命科学学院 教育网
系：生物学系、生物化学与生物技术系、生物医学科学系 农业生物技术系
国家工程中心:国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心
教育部重点实验室：细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室（含肿瘤细胞工程国家专业 实验室）（厦门大学）
教育部批准设立的研究机构：教育部寄生动物学研究室（厦门大学）、教育部细胞生物学研究室（厦门大学）
福建省批准设立的研究机构：福建省医学分子病毒研究中心 福建省资源微生物重点实验室 福建省亚热带湿地生态学重点实验室
厦门市批准设立机构：厦门市医学分子病毒研究中心、厦门市海洋微生物新药工程技术研究中心
校批机构：厦门大学湿地与生态工程研究中心、生命科学学院教学实验中心 厦门大学湿地与生态研究中心、厦门大学生物能源中心、厦门大学实验动物中心
海洋与环境学院
系：海洋学系、环境科学与工程系
国家重点实验室：近海海洋环境科学国家重点实验室
教育部批准设立：厦门大学亚热带海洋研究所
共建机构：厦门海岸带可持续发展国际培训中心
校批机构： 厦门大学环境科学研究中心、厦门大学海洋政策与法律中心、海洋与环境学院教学实验中心
信息科学与技术学院
系：计算机科学系、智能科学与技术系、电子工程系、自动化系、通信工程系
福建省批准设立：厦门大学集成电路设计工程技术研究中心
共建机构：智能图像与信息处理研究室（ ATR ）、新技术开发研究所（市校共建）
校批机构：电子信息研究所、厦门大学人工智能研究所、人口资源环境与地理信息系统研究中心、厦门大学语言技术中心、系统与控制研究中心 、 厦门大学系统工程研究室、信息科学与技术学院教学实验中心
软件学院
校批机构：厦门大学软件研究与开发中心、软件学院教学实验中心
医学院
系：临床医学系、预防医学系、药学系、中医系
教学部：基础医学部
共建机构：抗癌研究中心 （省校共建）
校批机构：生物医学工程研究中心、医学院教学实验中心、中医药研究中心
建筑与土木工程学院
系：建筑系、土木工程系城市规划系
校批机构：建筑与土木工程学院教学实验中心
南洋研究院
教育部批准设立的研究机构：东南亚研究中心、（中国）厦门大学马来西亚研究所
台湾研究院
教育部批准设立：厦门大学台湾研究中心
教育研究院
教学部：教育学公共教学部、教师教育部
教育部批准设立的研究机构：厦门大学高等教育科学研究所、厦门大学高等教育发展研究中心
校批机构：厦门大学考试研究中心、 教育心理学研究所
马列主义理论教学部
海外教育学院
系（或相当于系的实体机构）：华文系
教育部批准设立的研究机构：厦门大学海外华文教育研究所
校批机构： 对外汉语远程教育研究中心、日本研究所
国际学院
国学研究院
王亚南经济研究院
院批机构： 计量经济学研究中心、 金融研究中心、 中国劳动经济学与社会保障研究中心、 宏观经济研究中心、 政治经济学研究中心、 现代统计学研究中心、 SAS计量经济学合作中心
海洋与海岸带发展研究院
海峡两岸发展研究院
厦门国际法高等研究院
财务管理与会计研究院
生物医学研究院
体育教学部
厦门大学（深圳）研究院
继续教育与职业教育学院
网络教育、成人教育 、 职业技术教育
校批机构：厦门大学网络教育研究中心
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